Kiai Ismail wafat di usia 70 tahun. Beliau mengalami sakit diabetes dan ginjal. Kiai Ismail dimakamkan pada Rabu, 11 November 2023 di Pasarean (makam) Cikolontong pukul 14.00 WIB setelah dilakukan salat jenazah di Masjid Agung Benda Kerep.
Baca Juga: BKAD Akui Masih 695 Bidang Tanah Aset Pemda Kabupaten Cirebon yang Belum Bersertifikat
Posisi makamnya di sebelah barat Kakeknya Mbah kiyai muslim. Sebelah selatan ayah dan ibunya Kiai Muhtadi dan Ibu Nyai Samroh binti Kiai Abu Bakar.***